רפי היה איש מודיעין מובהק ששירת בתפקידים שהשתיקה יפה להם עד עצם היום הזה. על אף הסודיות שאפפה את תפקידיו, קנה לו שם בקרב הקבוצה הקטנה של אנשי המודיעין ועלה בדרגות.
כאשר מאיר עמית נתמנה לראש "המוסד", הזעיק אליו את אפרת ומינהו כראש לשכתו. יחדיו עשו פרק זמן בתקופה קשה למדי, מיד אחרי התפטרותו של איסר הראל. עוד קודם לכן היה אפרת מזכיר ועדת ראשי השירותים שבהרכבה אפשר למצוא את כל "המי ומי" בצמרת המוסדות החשאיים בישראל.
לגורל צעדים מיוחדים ומוזרים משלו - אפרת מת בעיר בה נולד, האמבורג בגרמניה, כאשר כיהן יועץ שגרירות ישראל במערב גרמניה. הוא נולד בשם פירט ועלה ארצה ערב הבר מצווה שלו, בשנת 1936, אחר שסיים סמנריון "אהבה" של עליית הנוער.
רפי היה בין ראשוני המתנדבים לצבא הבריטי בשנות המלחמה העולמית השניה, בהיותו משוכנע ביחד עם שאר המתנדבים, שבתור יהודים וארצישראליים חייבים ליטול חלק במלחמה נגד האויב האכזרי ביותר של עמנו. קומץ הנאמנים לענין הציוני ולעניני עליה ב' וההגנה, לא פסקו מלפעול והמציאו יום יום המצאות חדשות, כדי להערים על השלטונות הבריטיים, ולהבריח ארצה יהודים, כלי נשק ותחמושת. "רפי עושה מלאכתו נאמנה" - מספר עזרא להד ומוסיף שרפי היה ממונה על תנועת הרכבות ממצרים לארץ ישראל והוא סיפק לפעילי העליה מידע חשוב. "אנשי הרכש" צרפו לרכבת שיצאה לארץ קרון עמוס תחמושת וחומרי נפץ. מובן מאליו שאותו קרון צויד בתעודות משלוח אותנטיות שסופקו ע"י רפי ומספר חבריו.
עם תום מלחמת העולם השניה המשיך רפי לעבוד במסגרת הצבא הבריטי כאזרח, ביחידת המסעים. חומר סודי ורב ערך עבר תחת ידיו שמצא את דרכו לעזרא להד, שהיה השליש של מפקד מחוז חיפה בהגנה והוא יצר קשר בין רפי לאנשי הש"י. רפי הזרים ידיעות רבות ערך על תנועות יחידות הצבא, על צעדים שהבריטים עומדים לנקוט נגד הישוב, על כוונות של הטלת עוצר וחיפושים. הצבא הבריטי חש באי נוחות ערב הקמת המדינה והחליט להעביר את ארכיונו לביירות. היה זה רפי אשר השיג את התאריך המדוייק ואת המסלול של העברת הארכיון ובמבצע מיוחד השיגו אנשי "ההגנה" את האוצר היקר כאשר כבר היה בדרכו ללבנון. רפי נעצר עוד באותו לילה ועורך הדין של "ההגנה", חוטר ישי, הצליח לשחררו ממאסרו, אולם נתעורר חשד נגד רפי והוא פוטר מעבודתו. אז נכנס רפי לעבודה ב"שירות הידיעות", ש"י, והיה מראשוני מקימי יחידה שהיתה מעין שילוב של בטחון שדה ושירות בטחון ערב הקמת צה"ל.
הוא היה בוגר קורס מגדי"ם ובית הספר לפיקוד ומטה ונמנה עם מנגנון "ההגנה" עד הקמת המדינה ונמנה עם מייסדי צה"ל.
לבד מן השנים 1951-1949, בהן הושאל למשטרת ישראל, בה שימש קצין במחלקה המיוחדת של המטה הארצי ומילא תפקידים סודיים ביותר, הוא מילא תפקידים שונים בצה"ל עד אשר נתמנה באפריל 1964 לראש לשכת הרמטכ"ל, לצדו של רב אלוף יצחק רבין. אז חל מפנה חשוב בחייו, מכיוון שאז נחשף לראשונה לאור הזרקורים ויצא לחלוטין מאלמוניותו. כמעט כל תפקידיו בצה"ל היו רחוקים מכל התענינות הציבור וכמעט תמיד פעל מאחורי הקלעים.
מעניין לציין כי על אף האלמוניות שאפפה אותו היה מוכר ופופולארי מאוד בקרב המשפחה הגדולה של משרד הבטחון. בתפקידו החדש נפגש לראשונה עם עתונאים מקומיים וזרים ודבק בו "יתוש" העתונות. כך ניתן להסביר שכאשר נשאל על ידי מפקדו, הממונה עליו, רב אלוף יצחק רבין, אם רצונו בתפקיד אחר, ביקש אפרת להתמנות לדובר צה"ל. שני תפקידיו האחרונים, ראש לשכת הרמטכ"ל ודובר צה"ל, היו ללא ספק הקשים בחייו.
הוא נתמנה בספטמבר 1967 לממונה על יחסי הציבור של מערכת הבטחון. זה קרה זמן מה אחרי מלחמת ששת הימים, תקופה קשה לכל הדעות. הודעותיו נתפרסמו יום יום כמעט והוא נאלץ לפרסם על נפילת חיילים. למרבה הצער הפך המוסד, שהוא עמד בראשו, לגוף מוכר ביותר, הקרבות תמו בשדות הקרב, אולם ההסברה נאלצה לנהל קרבות של מילים. הוא המשיך בתפקיד הקשה גם בימי מלחמת ההתשה שהתנהלה באש תותחים, אולם שוב קרבות לא פחות קשים התנהלו בשדה ההסברה. רפי היה נציג העתונות אצל שלטונות הצבא ונציג הצבא אצל העיתונות וכל אחד משני הצדדים בא אליו לפעמים בטענות קשות. על כל פנים, הוא עמד איתן כסלע.
ב-1970 נתמנה ליועץ בשגרירות במערב גרמניה והיה מרוצה מאוד כאשר קיבל את התפקיד, בהיותו סבור שאחר תפקידים קשים, אחראים ומתישים כאחד, יוכל לנוח מעט. בהיותו יליד גרמניה מצא גם ענין מיוחד בתפקיד ומילא אותו לפי דעת יודעי דבר, במשך חמישה חודשים בהצלחה ניכרת. במשך כל חייו היה האיש מאחורי הקלעים, שליווה את המאורעות הדרמטיים ביותר במדינה כשותף סוד. הוא היה ראש לשכת ראש אגף המודיעין באמצע שנות החמישים. בתפקיד זה היה עד קרוב ביותר להתרחשויות "העסק הביש" אשר הוליד מאוחר יותר את "פרשת לבון". בהיותו ראש לשכת הרמטכ"ל, ליווה את המאורעות שקדמו למלחמת ששת הימים ואת ימי המלחמה עצמה. יצחק רבין, הרמטכ"ל, נתן את אמונו המלא באפרת כאשר זמן קצר לפני המלחמה בעיצומן של הכנות מתישות למלחמה, הטיל עליו שליחות "עדינה ביותר" שהשתיקה יפה לה עד עצם היום הזה. אפרת עמד בכבוד בתפקיד הקשה ויומן הרמטכ"ל שרשם, בימים שקדמו למלחמה ובימי האש, הוא מן המסמכים ההיסטוריים החשובים והסודיים ביותר הנצורים בארכיון צה"ל בתקופה זו.
ונסיים בדברי אלוף הראבן, מנהל מחלקת ההסברה, שנכתבו בשנת 1972:
"רפי השתייך לאותה נבחרת שראתה לעצמה ייעוד לשרת את בטחון ישראל בנפש ובגוף. הוא דבק בעבודתו ומסירותו לה היתה ללא סייג, אצל רפי לא היו שעות עבודה.
מצאת אותו עובד בחמש בבוקר, בעשר בלילה, בשתיים אחר חצות. בכל נושא שעליו הופקד, שלט בו בדרכו המסורה, המסודרת והשיטתית. בכל נושא הכניס מרותו, וכל נושא קידם הרחק מעבר למה שהיה כשקיבל אותו באחריותו.
החיל בו שרתנו מחייב להשאיר במעטה סודיות את מרבית פעולותיו של רפי, ולכן לא ניתן לספר עליהן. פעמיים נצטלבו דרכנו. פעם, ב-1954, קיבלתי ממנו תפקיד, ופעם ב-1959 מסרתי לו תפקיד. זכור לי עד כמה מילא להפליא את שני התפקידים בתושיה, בנאמנות, ללא חת וברוח טובה. בתפקידיו הגלויים - ראש לשכת הרמטכ"ל, דובר צה"ל ונציג משרד הבטחון בגרמניה - שמו הלך לפניו.
חריצותו, התמצאותו והישגיו, היו בפי כל מיודעיו - בצה"ל ומחוצה לו.
צה"ל שיכל קצין בכיר מטובי קציניו המקצועיים ואנו איבדנו חבר ותיק וטוב".