יוסף לונץ שלב בתוכו תכונות של אשיות בלתי רגילה ומקורות, והיה בעל מסכת חיים עשירה במיוחד: אמיץ לב, איש חכם, חרוץ, בעל ידע רב, יסודי, הגון חבר ורע. בעל תכונות של מנהיג.
חברו בו יחד חכמה עם צניעות, יושר עם עקשות, סקרנות ועמקות, מחשבה מקורית ואי מוכנות לקבל מוסכמות.
היה לוחם במדים ובלעדיהם. בתולדות מדינת ישראל זכו אך מעטים שנהפכו לאגדה עוד בחייהם, הוא היה אחד מאלה. במאה השמונה עשרה, כאשר רצו לומר מישהו שהוא מוסיקאי מוכשר, אמרו שהוא דומה לבאך. בחוגי צה"ל כאשר רצו לומר על מישהו שהוא מבריק, נהגו לומר "הוא לונצי קטן" לונצי היה לוחם מעולה, מסוגר וצנוע, אך נטוע היטב ונערץ בכל מקום בו פעל. פעילותו הצבאית והבטחונית התנהלה בשני אפיקים - צבאי ואזרחי. על פעולותיו כאיש "המוסד" לא ניתן עדיין לגלות ולספר.
מציאות ודמיון נתערבבו בסיפורי עלילותיו וככל שנקשרו אגדות סביב הרפתקאותיו, היתה חזותו רחוקה מלהסגיר את סודו - עצור שקט ומאופק ואפילו... ביישן.
עוז רוחו וסקרנותו העזה להכיר את תרבות האזור ותושביו, גרמו לו ליטול על עצמו משימות קשות ומסוכנות. רבות מפעולותיו תשארנה חסויות ודאי, לזמן רב.
יליד חיפה. הוריו משה ומרים בנו משפחה ששרשיה נעוצים באדמת המולדת מתחילת המאה. הם עלו בגיל צעיר מליטא והשתקעו בנווה שאנן בבית בודד, סמוך לכפר ערבי. יוסף סיים את לימודיו בבית הספר "חוגים", אשר עצב את אישיותו האינטלקטואלית וכבר אז התבלט במחשבתו המקורית. בתקופת לימודיו היה חבר בתנועת הצופים והצטרף לגרעין "החושלים" של התנועה, לפני גיוסו לצה"ל עבר קורס קשרים במסגרת הגדנ"ע. הוא גוייס לצה"ל באוגוסט 1953 ועם חבריו לגרעין התנדב לנח"ל. נשלח לקורס מכי"ם ואח"כ לקורס קציני חי"ר ושרת בנחל מוצנח.
צה"ל התאים לו, היו בו הרפתקנות ואי שקט שדרשו אתגרים. בהיותו איש אמיץ, נועז ועקש הפך ללוחם מעולה ומפקד שהשפיע והרשים את מפקדיו ופקודיו. בתום תקופת שרות החובה, לאחר מלחמת סיני, בה לקח חלק, השתחרר מצה"ל והצטרף לאנשי ההכשרה שלו בראש הנקרה. לאחר תקופה קצרה פנה ללימודים באוניברסיטה בירושלים וסיים בהצטיינות כמוסמך למדעי המזרח. גם כאן התבלט בגישתו הרצינית ללמוד, לחקור, לנתח ולדעת. כמזרחן עסק בהוראה ובמחקר במכון "שילוח".
היתה לו הבנה מעמיקה וידיעה רחבה בנעשה באזורנו ובהסטוריה של ערביי ישראל והתנועה הלאומית הפלסטינית. ויותר מרבים אחרים, השכיל להבין את צירופי הכוח והתבונה ואיך להיעזר בהם.
בשנת 1963 נשלח מטעם צה"ל כמדריך צבאי לאתיופיה, בשובו לאחר כשנה וצי מלא תפקידים שונים בשליחויות עלומות בארץ ובחו"ל. בין שליחות ושליחות לא הזניח את תפקידיו כאיש מילואים. השתלם בקורסים פקודיים ומלא בהצלחה תפקידו מטה ופיקוד. במשך שנים שימש כמפקד הסיירת הירושלמית, אותה הקים עוד בהיותו סטודנט באוניברסיטה. לקראת מלחמת ששת הימים בשנת 1967 מהר לחזור מחו"ל ונפצע בקרבות לטרון. משהחלים שרת כמושל צבאי במרחב שלמה בסיני. במלחמת ההתשה התנדב לשרת כ"נמר" וכקצין מילואים פיקד על אחד ממעוזי התעלה. במלחמת יום הכיפורים לחם כמג"ד באזור התעלה.
הוא לא היה מדבר חלקות ולא היה ארך אפיים, אך הביא עמו לתפקידים אלה את הסגולות שהיו בו: אומץ גופני ונפשי, הסתפקות במועט, יותר אישי, סקרנות אינטלקטואלית והבנה עמוקה לזולת, בלי לוותר על מה שנראה לו חשוב. חריצות ודבקות במטרה בכל תנאי ומעל לכל - עמקות וחקרנות.
נראה שאת מיטב תרומתו העניק לממשל הצבאי. הוא חזר והתגייס לצה"ל בשנת 1976, לאחר פעילות עניפה ב"מוסד" ומונה למושל בנפת טול-כרם ואח"כ רמאללה ולאחריה שכם. במורכבותו של המגזר הערבי ראה אתגר ובצניעותו לא היה מודע כי הוא מקיים שליחות לאומית סבוכה, קשה וכפויית טובה. כושרו להחליט התבסס על הכרת הנושא לפרטיו, שיקול מכל ההיבטים ולאחר הערכת כל הדעות. הוא היה הטוב במושלים. התייחס לעבודתו בדרך מדעית מקצועית. בחריצות האופיינית אסף ונתח נתונים ועובדות. בקיאותו בעתונות, בספרות ובפובליציסטיקה הערבית, שיחותיו עם מנהיגים ואזרחים פשוטים בכפרים ובמחנות הפליטים ונטילת חלק בכל התפקידים האפורים (כמו שמורה) העניקו לו יחס של כבוד בקרב המקומים והערכה ומסירות מאת צוותו. הוא נהג לבקר בבתי-הספר, לבחון את תכנית הלימודים, לבקר בשיעורים. הקדיש יום בשבוע לפקודיו, לסיור באזור בו שרתו, כשהוא צועד עמם, מדריך ומסביר, ע"מ שהחיילים יכירו את השטח ותושביו. באזכרה במלאת שלוש שנים למותו, אמר רחביה ורדי, מי שהיה מתאם פעולות הממשלה בשטחים:"התמונה של הפגנת ההמונים המוסתים בשכם, כאשר בראשם צועדת המנהיגות הקיצונית ומולם אתה יוצא מלווה באיש אחד ומפרק את המתח הרב הזה, בשקט, בתקיפות ובלא שימוש באמצעים חריפים, תזכר להרבה זמן".
לונצי לא נפל בקרב, אם כי היה מוכן לכך כל חייו. לא רק רצה הגורל, הוא נפטר באמצע דרכו, כאשר אנו חושבים עליו, הננו מברכים על כך שארצנו ידעה לגדל אנשים, שאינם עונים על דרכי השעה בלבד, אלא על דרכי הדור ושנותיו.
הוא אהב את הארץ, סייר ושוטט בה בלי הרף בחקרנות ובהנאה. זיקתו לשומרון ועזרתו למתנחלים באתור הקרקע לישובם, זכתה אותו בהנצחה באתר עוצר נשימה במצפה הר כביר, הנקרא על שמו.
כשנה וחצי לפני מותו נכנס לתפקידו כמפקד חבל עזה וצפון סיני, כעבור מספר חודשים שונה תפקידו לראש המינהל האזרחי בחבל עזה.
החייל הקרבי ואיש מדעי המזרח לא פשט את מדיו הצבאיים גם בתפקידו החדש. בתקופתו שקט חבל עזה והשקט לא הופר גם בימי חלוקתה של העיר רפיח, עם קביעת הגבול החדש-ישן בין ישראל ומצרים.
על פעלו בחבל עזה הקדיש "המכון לחקר חבל עזה וסיני" את מרכז המידע של המכון על שמו.
לימים, לאחר צאת כוחות צה"ל מחבל עזה, הוקם ליד מחסום ארז מבנה, בו נערכו המפגשים בין ישראל ונציגי הפלסטינים. אולם הישיבות הגדול הוקדש לזכרו.
באזכרה שנערכה במלאת שלושים לפטירתו קרא אחד המשתתפים שיר של נתן אלתרמן שהלם את אשיותו:
"עוד זכור נזכרך, עוד תבוא הרוח
ותעלעל בדפים לאחור, לאחור.
עוד רבים הדברים, הפנקס פתוח
ואתה ספורך לא זכית לגמור.
על המשך של אבני נדבכים שחצבת
על עמל ונדודים עוד ספר וסופר
שא תודה בדבר שור, כאשר אהבת
אני קם ונפרד מעמך על הספר
שא תודה לב אמיץ ונשמה מסוערת
איש לוחם ובונה בנתיב עד תומו
ואשרי החקוק עלי לוח וחרט
גם בקרב רעיו, גם בקרב עמו".
שמו של יוסף לונץ הונצח בצורות שונות:
1. מכון טרומן שליד האוניברסיטה העברית בירושלים, ערך יום עיון לזכרו כ-3 חודשים לאחר מותו ב-15.6.83, בנושא "השטחים המוחזקים על סף השנה ה-17, מדיניות, מגמות והשלכות".
2. באוקטובר 84 הונצח, בעזרת הרשות לשמורת הטבע, על הר כביר (ליד אלון מורה, שכם) "שמורת טבע הר כביר ע"ש תא"ל יוסף לונץ (לונצי) ז"ל. האתר נפתח בטקס מרשים בהשתתפות אישי ציבור, מוקירי זכרו וקהל רב.
3. באוקטובר 86 הוקם על שמו מכון לחקר עזה וסיני, בנוה דקלים וכן יש במקום חדר מבקרים למטויילים באזור.
4. "צעדת סוכות" בחבל קטיף, נערכת מידי שנה, במשך 7 שנים, החל מאוקטובר 86 ועד פרוץ האינתיפדה הראשונה. הצעדות התקיימו בחבל קטיף והמשתתפים זכו בתעודות ומדליות, בסיום הצעדה נערכה עצרת לזכרו.
5. כשיצאו כוחות צה"ל מחבל עזה, הוקם ליד מחסום ארז, בנין לשימוש צה"ל. אולם הישיבות הגדול, הוקדש לזכרו.
6. הוצאת מערכות (משהב"ט) הוציאה ספר שהוקדש לו, החלו בהדפסתו ב-1996 והפרסום ב-1998 "התנועה הלאומית הפלסטינית, מעימות להשלמה?" הספר מכיל קובץ גדול של מאמרים, חלקם כתב בזמנו יוסף לונץ, נוספו אליהם מאמרים נוספים של בכירי המזרחנים בישראל, בנושא זה. סיפור קורותיה של התנועה הלאומית הפלסטינית מראשיתה ועד הסכם אוסלו. לרגל הוצאת הספר קיים ערב ציון לזכרו.
7. בפברואר 99 ערכה האוניברסיטה העברית דיון בנושא "הכורדים בעיראק וקשריהם עם ישראל", לרגל הוצאת ספר בנושא.
הדיון הוקדש לזכרו של יוסף לונץ ז"ל וסופר בו על מעורבותו ופעלו הרב.
8. באוקטובר 1999 הנציחה המשפחה את שמו במצפור החרוב על הר ארבל, בשיתוף עם הרשות לשמורת הטבע והגנים הלאומיים. בטקס הפתיחה נכחו נציגי הרשות לשמורת הטבע, בני משפחה וחברים רבים.